日本第一座以原住民族阿伊努的历史和文化为主题的博物馆，也是日本最北端的国立博物馆。

阿伊努民族是指日本列岛北部周围、尤其是北海道的原住民族，拥有不同于日本主要民族“和人”的语言、文化和历史。民族的名称“阿伊努”一词在阿伊努语中代表了“人类（aynu）”等意思。设立国立阿伊努民族博物馆是为了实现一个尊重阿伊努民族自豪感的社会，向人们讲述阿伊努历史和文化，并将阿伊努文化代代相传下去。展示内容从阿伊努民族的角度出发，以“我们”为着眼点来进行讲述。